در آن‌چه مربوط به بخاراست، گفتنی است که در آغاز نیمه دوم سده نوزدهم تلاشی جدی برای برقراری روابط تنگاتنگ و نزدیک با ایران انجام نشد. اما نورمهدی، سفیر امیرنصرالدین، هنگام برگشت از ترکیه به بخارا از طریق ایران در مورد آمادگی حرکت رضاقلی‌خان لالاباشی به عنوان سفیر اطلاع یافت و «آرزو کرد که به خیوه و بخارا همراه با سفیر اعلی‌حضرت شاهنشاه برود که این در واقعیت به معنای دعوت رسمی از سفیر ایران برای بازدید از بخارا بود. معلوم نیست که آیا نورمهدی دارای چنین اختیاراتی بود یا نه، اما احتمال زیاد وجود دارد که او واجد این صلاحیت نبوده، زیرا او که با لالاباشی و سفیر خیوه، عطانیاز محرم، در محل دولاب (منطقه باغ جنت نزدیک تهران) برای رفتن با هم قرار ملاقات گذاشته بود، حاضر نشده بود و خود به طور مخفی از طریق خراسان به بخارا رفت. شاید نورمهدی درباره درگیری‌های خونین میان خانات خیوه و بخارا آگاهی یافته بود و هم از این‌رو تصمیم گرفت که از طریق قلمروِ خانات خیوه وارد بخارا نشود.

در مناسبات خانات آسیای میانه با ایران بدون شک اختلافات مذهبی هم مؤثر بود. علمای بخارا به اَشکال گونه‌گون تلاش داشتند افتخار «مرکز جهانی اسلام»، «اتکای اسلام روی زمین» را به بخارا نسبت بدهند و آن را تقویت کنند. امیر بخارا، نصرالله خان، به عنوان «رهبر تمام مسلمانان آسیای میانه» شمرده می‌شد. ضمناً این «رهبر» در سال ۱۸۴۸ خوقند را با صلاح‌دید روحانیون غصب کرد. ولی این غصب کردن که تحت نام «استقرار اسلام واقعی در خانات خوقند» انجام یافت، با یک رشته جنایات ددمنشانه همراه بود.

روشن است که در چنین حالتی به‌دشواری می‌توان اقدامی را از جانب بخارای سنّی‌مذهب برای بهبود مناسبات با ایرانِ شیعه‌مذهب انتظار داشت. اما در رابطه با خانات خیوه می‌توان گفت که وجود روابط نسبتاً مستحکم دیپلماتیک با ایران مانع حملات پی‌درپی به قلمروِ ایران به بهانه «جهاد» بر ضد کافران نمی‌شد. چنان‌چه آگهی با اشاره به حمله سال ۱۸۸۴ خان خیوه به خراسان می‌نویسد که «این حمله تحت لوای پرچم “غزاوت مقدس” صورت گرفت.»